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연말정산 시 인사담당자가 어려워 하는 사례 중 하나가 바로 중도퇴사자 연말정산 처리입니다.
퇴사 시점과 재취업 여부에 따라 처리 방식이 달라지고, 이미 회사를 떠난 직원과 다시 소통해야 하는 상황도 발생하기 때문인데요.
특히 퇴사자의 재취업 여부가 명확하지 않거나 소득공제 서류 제출이 지연되는 경우에는 중복 정산, 자료 누락, 환급·추징 처리 오류로 이어질 수 있어 주의가 필요합니다.
이번 글에서는 인사담당자가 반드시 알아야 할 중도퇴사자 연말정산의 기본 원칙부터 퇴사 시기에 따른 처리 방법, 실무에서 자주 발생하는 실수와 FAQ까지 한 번에 정리해보았습니다.
중도퇴사자 연말정산의 가장 기본적인 원칙은 ‘퇴사 시점’과 ‘재취업 여부’에 따라 처리 방식이 달라진다는 점인데요. 근로자가 연도 중간에 퇴사한 경우 연말정산은 크게 두 가지 경로로 진행됩니다.
이때는 퇴사한 회사에서 근로소득에 대한 정산을 마무리하고, 근로소득원천징수영수증을 발급합니다. 퇴사자는 해당 서류를 바탕으로 다음 해 5월 종합소득세 신고 기간에 개인적으로 환급 또는 추가 납부를 진행하게 됩니다.
이 경우에는 새로운 회사에서 이전 근무지의 근로소득원천징수영수증을 함께 제출받아 소득을 합산해 연말정산을 진행합니다.
인사담당자 입장에서 특히 주의해야 할 부분은 퇴사자가 재취업 여부를 명확히 공유하지 않는 경우입니다. 이로 인해 서류 수령이 지연되거나, 중복 정산과 같은 문제가 발생할 수 있는데요.
따라서 퇴사 시점에 연말정산 처리 방식과 필요 서류, 향후 절차를 명확히 안내하는 것이 중요합니다.
아울러 추후 원천징수영수증 발급이나 환급금 지급 과정에서 문제가 발생하지 않도록 퇴사자의 연락처와 주소, 계좌 정보 등을 정확히 확보해 두는 것도 필수입니다.
퇴사 시점에 따라 인사담당자가 처리해야 할 연말정산 프로세스도 달라지는데요. 12월 퇴사자의 경우, 일반 재직자와 동일하게 다음 해 2월 연말정산 시즌에 함께 처리하면 됩니다.
반면 1월~11월 사이에 퇴사한 경우에는 퇴사 시점에 중간정산을 하거나, 다음 해 2월 연말정산 시즌에 일괄 처리하는 방식 중 하나를 선택할 수 있습니다.
실무에서는 행정 효율성과 업무 부담을 고려해 연말정산 시즌에 재직자와 퇴사자를 함께 처리하는 방식을 선택하는 기업이 많습니다.
다만 중도퇴사자의 경우 가장 큰 난관은 소득공제 자료 수집입니다. 재직 중인 직원과 달리, 퇴사자는 회사 공지를 통해 서류 제출을 독려하기 어렵고 연락이 원활하지 않은 경우도 적지 않습니다.
이를 보완하기 위해 많은 담당자들은 퇴사 시점에 다음과 같은 안내를 함께 제공합니다.
또한 온라인 서류 제출 시스템을 구축해 퇴사자도 비대면으로 자료를 제출할 수 있도록 하면 업무 부담을 크게 줄일 수 있습니다.
실무에서 가장 흔하게 발생하는 실수는 소득 자료 누락 또는 중복 정산인데요. 특히 퇴사 후 재취업한 근로자가 이전 회사와 현재 회사 모두에서 연말정산을 진행할 경우 이중 공제 문제가 발생할 수 있습니다.
이를 방지하려면 퇴사자에게 재취업 여부를 반드시 확인하고, 재취업한 경우에는 새 회사에서 합산 정산이 이루어질 것임을 명확히 안내해야 합니다. 또한 근로소득원천징수영수증 발급 시 ‘중도퇴사자’임을 명시해 혼선을 줄이는 것도 도움이 됩니다.
또 자주 발생하는 문제는 환급금 및 추가 징수액 처리입니다. 재직자는 급여에서 정산이 가능하지만 퇴사자는 별도로 환급 또는 징수를 진행해야 하는데요.
환급금이 발생한 경우에는 퇴사자의 계좌로 송금해야 하는데, 계좌 변경이나 연락 두절로 처리가 지연되는 사례도 많습니다. 반대로 추가 납부가 필요한 경우 퇴사자의 협조가 없으면 회사가 대신 납부해야 하는 상황이 발생할 수도 있습니다.
이를 예방하기 위해서는 퇴사 시점에 정확한 계좌 정보와 연락처를 확보하고 연말정산 일정과 처리 방식을 사전에 공지하는 것이 중요합니다.
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A. 중도퇴사자도 재직자와 동일하게 다음 해 2월 말까지 연말정산을 완료해야 합니다.
예를 들어 2024년 6월에 퇴사한 직원이라도 2025년 2월 연말정산 시즌에 함께 처리하고 이후 3월 10일까지 관할 세무서에 지급명세서를 제출하면 됩니다.
퇴사 시점에 즉시 정산을 요청하는 경우에는 중간정산으로 처리할 수도 있지만, 실무적으로는 행정 효율성을 고려해 재직자와 함께 일괄 정산하는 방식을 선택하는 기업이 대부분입니다.
A. 해당 과세연도(1월 1일~12월 31일) 동안 급여를 한 번이라도 지급한 모든 퇴사자가 연말정산 대상입니다.
다만, 일용직 근로자나 근로소득이 아닌 사업소득으로 처리된 프리랜서는 연말정산 대상에서 제외됩니다.
실무에서는 다음과 같은 순서로 정리하면 효율적입니다.
재취업하지 않은 퇴사자는 우리 회사에서 연말정산을 진행하고 재취업한 퇴사자는 근로소득원천징수영수증만 발급하면 됩니다.
A. 인사담당자는 소득공제 서류에 대해 형식적 검토까지만 하면 됩니다.
서류 누락 여부나 기재 오류 등 기본적인 사항은 확인해야 하지만, 내용의 진위 여부까지 확인할 법적 의무는 없습니다.
국세청 홈택스 간소화 서비스를 통해 제출된 자료는 신뢰도가 높으며, 추가 제출 서류의 경우에도 발급기관, 금액, 공제 대상자 등 기본 항목 위주로 확인하면 충분합니다.
다만 명백하게 허위로 의심되는 서류가 있는 경우에는 퇴사자에게 재확인을 요청할 수 있으며, 최종적인 세무 책임은 근로자 본인에게 귀속됩니다.
중도퇴사자 연말정산은 단순한 세무 처리 문제가 아니라, 퇴사 이후까지 이어지는 인사 관리 프로세스의 완성도를 보여주는 영역입니다.
퇴사 시점에 얼마나 명확하게 안내하고, 필요한 정보를 체계적으로 관리했는지에 따라 연말정산 업무의 난이도는 크게 달라질 수 있는데요.
따라서 퇴사 프로세스 단계에서부터 연말정산을 고려한 사전 정리와 안내가 무엇보다 중요합니다. 이번 글을 계기로 중도퇴사자 발생 시 연말정산 안내 절차와 주요 체크 포인트를 다시 한번 점검해보시기 바랍니다.
